1.單細胞藻類在海洋生態系中的地位、東海浮游植物之長期觀測與研究。

  2.浮游動物與珊瑚礁生物之環境影響評估、雷射光學科技在海洋生物上之應用、橈足類攝食生態研究海洋橈足類行為研究。

  3.蝦蟹之鑑定、資源評估及保育研究、甲殼類多樣性的調查研究。

  4.分解海洋污染物或油污微生物之研究、海洋環境與污染物對海洋環境之影響、微生物生態、酵素化學。

  5.海洋資源評估及保育、河口及溼地之生態和保育、海龜生物學、附著生物之防治。

  6.溪流及河口生態之研究、魚類系統分類及生態調查研究，魚類之動物地理分布研究。

  7.世界新種的甲殼類發現及DNA分子地理親緣演化研究。

  8.海藻系統分類及演化。

  9.甲殼類病毒學、魚類病毒學研究。

  10.甲殼類疫病學研究。

  11.海洋真菌之研究。

  12.魚類生理生態之研究。