特色研究

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黃將修教授	浮游動物與珊瑚礁生物研究室	黃將修講座教授近五年(2021迄今)共發表71篇於有審查制度的科學期刊，其中SCI文章62篇，非SCI文章9篇，平均每年發表12篇SCI文章。黃將修教授主要負責之研究工作項目為構思研究計畫、執行研究計畫、撰寫修改文章及負責發表文章等。此外，黃教授不僅專注於執行研究計畫、發表研究成果，同時亦致力於國內外博碩士生的研究論文指導，使其順利取得學位。在促進國際合作與提升臺灣相關研究領域之學術地位方面也相當積極且成效顯著。依據Web of Science資料庫查詢結果，黃教授自1995年迄今（自從有Web of Science記錄以來）有273篇SCI文章可被搜尋到，若包含1995年之前及資料庫未收錄之SCI文章則超過317篇。著作被引用次數方面WOS資料庫搜尋到6085次，若包含1995年之前或國際英文教科書引用及資料庫未收錄之引用次數則超過8874次以上，另根據Google Scholar的資料主持人被引用次數為12413次（SCI+非SCI+英文教科書引用次數），另計畫主持人整體之h-index為40 (Web of Science)，另Google Scholar查詢之 H-index 則為 55，此項指標已達國際優秀研究人員的水準。，黃教授並於2020年獲得「臺法科技獎」。2022年獲東海大學頒發傑出校友。Research.com 2022、2023、2025全球頂尖生態與演化科學家，全臺排名第二，2024年全台排名第一。2025-2028年獲本校聘為「講座教授」。
陳天任教授	甲殼類研究室	陳天任教授一直都是專研大型甲殼類 (亦即蝦、蟹、蝦蛄等) 之分類及演化類源關係研究，到目前為止共發表有1個世界新科13個世界新屬179 個世界新種，研究論文347篇。臺灣的大型甲殼類目前已至少發現1,800 種，約為全球的十分之一，大部份種類都有蒐藏於國立臺灣海洋大學作為研究參考使用，可以說是國內種類最多資料最齊全的大型甲殼類標本蒐藏，並出版有7本臺灣甲殼類圖鑑和在科技部國家型數位典藏計畫支助下，於2003 年起建立有“臺灣大型甲殼類資料庫”網站，是認識及研究臺灣海洋生物的一筆重要自然資產，並享譽國際，經常與世界各國研究機構交流標本，對提升臺灣在國際上之知名度有重大助益。另一方面，臺灣雖然四面環海，東部及南部皆為深海區，但未有採集600公尺以深的底棲生物技術，以致臺灣以往都可謂完全沒有較深海地區的底棲生物資料。有鑑於此，自2000 年開始推動國內研究人員與法國研究單位合作，成功建立臺灣獨立採集深海底棲生物的能力及技術，目前已採集至水深5,622 公尺的底棲生物，從此開創臺灣深海生物研究的一個全新領域。除深入研究臺灣的大型甲殼類外，亦常將研究範圍擴大至西太平洋及甚至整個印度西太平洋的相近種群，從事世界性的分類研究，由於成果斐然，受聘為法國巴黎國立自然歷史博物館之研究客座“Correspondant du Muséum”。亦協助糧食及農業組織 (FAO) 編撰中西太平洋，巴基斯坦和緬甸漁業生物圖鑑中蝦類部分，對提升臺灣在國際上的學術地位有莫大榮譽。除與法國及FAO 合作外，亦一直與香港中文大學海洋研究中心緊密合作從事甲殼十足類的分子遺傳演化親緣關係研究，且也有與新加坡大學合作亞太地區甲殼十足類分類研究。自2004 年更開始積極參與由法國巴黎國立自然歷史博物館籌辦的國際海洋生物多樣性採集調查 (包括部分隸屬全球海洋生物普查Census of Marine Life的國際研究計畫)，自菲律賓、日本琉球群島、新幾內亞、萬納度、新喀里多尼亞、莫三比克和馬達加斯加等地採獲大量的標本，負責採獲蝦類的整理和分類研究。近年因成功與香港中文大學合作利用新的分子遺傳標誌來分析甲殼十足類的高階演化類源關係，由於成果斐然，受世界自然保育聯盟 (IUCN) 的紅皮書評估小組 (Red List Assessment Group)邀請，進行全世界龍蝦類的瀕危物種評估。亦受邀參加海洋生物多樣性最權威資料庫World Register of Marine Species (WoRMS) 負責海產爬行蝦類的taxonomic editor，共同統計目前海洋生物已知的種類數和推估全球海洋生物應有的多樣性。使台灣在蝦類分類及多樣性研究在全球生物多樣性最高的印度西太平洋海域中具有領先地位，並逐步將研究領域擴展至全球性。研究貢獻連續2022~2025年入榜由美國史丹佛大學統計的「全球2%頂尖科學家」，亦為Research. com連續這納入的全球頂尖動物科學家，且在「動物科學與獸醫」領域為全臺第一。因對大型甲殼類的分類演化研究具重大貢獻，並積極協助國際上其他甲殼類學者進行各項領域的研究，在2024年獲國際甲殼類學會(The Crustacean Society)頒贈最高榮譽的傑出研究獎(Excellence in Research Award)。
陳義雄教授	魚類學及分子演化研究室	自1999年以來，本人共計發表180篇以上的SCI學術論文，其中9成以上為第一或是通訊作者。研究領域長期投入在魚類系統分類，魚類分子親緣分析，以及魚類生態學等領域。魚類分類上，在東亞地區之淡水魚類及海水魚類分類，已達到120種魚類之世界新種，於東亞魚類物種多樣性上，都有更進一步的進展。最近幾年來，投入在相關學術專書的撰寫，特別是最近完成三本書籍的撰寫，包括有：淡水魚類及海水魚類之分類及生態之學術叢書，至少有14套書。
林綉美教授	海藻系統分類及演化研究室	海洋性大型底棲藻類系統分類學和分子地理演化研究我們團隊主要研究方向為探討台灣大型海藻相多樣性、生活史及群聚生態研究，並著重在海洋紅藻分子親源關係和紅藻特有囊果之胚胎發育研究。在國際合作方面，與來自印度-太平洋藻類學家合作研究來自澳洲、紐西蘭、東非、印尼、馬來西亞、菲律賓、日本、韓國、和中國及香港的海洋紅藻分子親源演化，並與歐洲藻類學家合作研究來自大西洋和印度-太平洋紅藻的生物地理學。結合囊果胚胎發育學和分子演化分析來評估單以傳統形態分類或分子序列分析所建立的分類系統，我們有效解決過去因對囊果期的胚胎發育了解不足之處所衍生的一些分類和演化問題。近五年來相關研究發表於藻類學領域具高公信力的專業期刊，有20篇以上報告，其中有12篇為第一作者或通訊作者。
陳歷歷教授	甲殼類病毒學及免疫學研究室	陳歷歷教授深耕蝦類疾病研究多年，尤其在蝦白點症病毒 (white spot syndrome virus, WSSV) 領域具有卓越貢獻。自 2020 年起，陳教授已發表 16 篇 SCI 論文，其中 11 篇擔任通訊作者，且均刊登於高影響因子 (High IF) 或領域前 25% (Q1) 之頂尖期刊。此外，陳教授更擁有 5 項專利及 4 項技術轉移，展現強大的研究產能。近年來，陳教授積極推動研發成果產業化並協助廠商取得產品認證，其核心成果包括：「WSSV RP 快速檢測試劑組」與「WSSV 預防胜肽 Inno A1」。其中，快速檢測試劑組於 2023 年 5 月榮獲世界動物衛生組織 (World Organisation for Animal Health, WOAH) 認證，成為全球首款通過該認證的水產病毒快檢試片。在龍蝦人工繁養殖領域，陳教授同樣成就斐然。其研究團隊具備從受精卵、葉狀幼體、稚蝦至成蝦的全生命週期人工養殖技術，是國內外少數能實現龍蝦完全人工育成的頂尖團隊。在國家科學及技術委員會與經濟部的經費支持下，該團隊預計於 2026 年正式成立新創公司。
彭家禮教授	海洋真菌研究室	彭家禮老師主要研究海洋以及淡水真菌多樣性、分類、親源關係、生理、生態及其應用。彭老師為「2020年度科學影響力」、「2022年度科學影響力」和「2025年度科學影響力」排名前2％全球頂尖科學家 (來源：https://elsevier.digitalcommonsdata.com/datasets/btchxktzyw/)；近五年共發表30篇國際SCI期刊論文，期刊影響因子(IF)從1.4至24.8；H-index為36，論文總引用次數約為7,300 (Web of Science)。彭老師擔任SCI期刊Mycokeys (IF=3.6, Mycology, Q2) 編輯委員會、SCI期刊Botanica Marina (IF=1.4, Marine & Freshwater Biology, Q3) 副編輯和國際期刊Studies in Fungi編輯委員會，也是「國際自然保護聯盟（IUCN）物種生存委員會（SSC）水生真菌專家小組」的成員。
呂健宏副教授	甲殼類疫病學研究室	研究方向主要是探討石斑魚對抗石斑虹彩病毒的免疫機制。石斑虹彩病毒(GIV)是嚴重危害石斑魚養殖業的病原體，我們發現GIV感染後，點帶石斑魚的一些免疫基因的表現會上升，包括CC趨化素基因(CC chemokine)和L型胺基酸氧化酶(LAAO)。關於CC趨化素基因，我們發現點帶石斑魚的19個CC趨化素基因中，有四個的表現會受到GIV、Poly I:C和LPS所誘發，顯示這四個基因與對抗病原體入侵有關，這些結果已發表在SCI 期刊(Dev Comp Immunol. 2019; 97:1)。其次是LAAO。此類酵素在動物具有抗菌或抗寄生蟲的活性，我們在點帶石斑魚選殖出了一個LAAO基因，命名為EcLAAO2，其蛋白具有抗菌性，而GIV 、LPS和Poly I:C會誘導其基因大量表現，結果已發表在SCI 期刊(Dev Comp Immunol. 120 (2021) 104058)。接下來會分析這四個趨化素和EcLAAO2在石斑虹彩病毒感染過程中所扮演的免疫功能。
邵奕達教授	環境生理學研究室	本團隊主要研究方向聚焦於水生動物生理內分泌學、感官生態學以及環境生理學之整合研究。在生殖內分泌領域，我們探討環境光照週期對性激素回饋系統的調控機制，分析神經內分泌軸線在不同生理時相下的敏感度變化，並研究宿主與寄生蟲交互作用下的生理補償機制與神經內分泌分區表現。在感官生理與適應演化領域，本研究室比較不同棲地光環境下視覺系統的生理調適，探討感光波段與動態視覺靈敏度的演化趨勢，並分析性激素對視網膜感光蛋白基因表現的調控，以及感官靈敏度在種內競爭與性擇壓力下的生理意義。針對環境壓力生理學，我們從形態功能與應激反應角度，評估人為噪音汙染對聽覺閥值、皮質醇合成及氧化壓力的長短期影響，同時針對溫差汙染建立生物致畸形的閾值模型，探討環境變動對野生種群發育的潛在衝擊與生理恢復力，為環境監測與生物保護提供關鍵的生理學證據。相關研究成果長期發表於國際專業期刊，展現本團隊在海洋生物生理與演化研究領域的學術價值。
楊倩惠副教授	無脊椎動物及分子演化研究室	楊倩惠老師主要研究方向在於利用生物條碼及多重基因方式，探討甲殼十足類或其他無脊椎動物門之物種鑑定、演化親緣關係及族群遺傳，並建立出完整的甲殼十足類生物條碼資料庫，以利更為精確的成體與野外採幼苗之生物種類鑑定，並有來自日本、馬來西亞、印尼、新加坡、法國及西班牙等國之共同學術合作，自2021年已發表19篇國際期刊論文。楊老師亦同時擔任國際SCI期刊 Raffles Bulletin of Zoology副編輯。
何攖寧副教授	海洋細菌與環境生物科技研究室	實驗室以微生物培養技術、第三代定序（Oxford Nanopore Technology, ONT）、基因體研究以及代謝體學為核心研究工具，透過多體學分析策略，探討微生物在海洋與環境系統中的功能表現、適應機制與菌群交互作用。研究橫跨分子層級到整體生態系，關注微小生命如何回應環境變化，並在無形中影響環境運作。研究領域主要聚焦於三大方向：海洋細菌資源、共生細菌，以及海洋環境相關議題。在海洋細菌資源的研究上，實驗室透過ONT分析平台進行即時基因體分析，快速掌握海洋中潛在可利用的微生物資源，並結合培養技術，預測細菌的最佳培養條件，逐步了解原本難以培養微生物所需的培養環境。在共生細菌研究方面，實驗室利用多體學資料，包括基因體、轉錄體與代謝體，解析微生物與宿主（如牙鮃、台灣文蛤、珊瑚等海洋生物）之間的共生關係，並探討菌群結構、互動模式與功能分工。此外，實驗室亦關注微生物在環境議題中的角色。在受污染環境中，微生物如同默默運作的「清道夫」，參與重金屬循環與污染物的降解，展現其在環境修復上的潛力。近年亦結合 ONT 平台，應用於海洋塑膠生物膜（plastisphere）之微生物生態與功能性基因組研究，探討人為活動對海洋微小生態系的影響。此外，更獲得多項專利與產學應用相關計劃。相關研究成果已發表於 The ISME Journal、Journal of Hazardous Materials、Bioresource Technology與mSystems等國際期刊。
張順恩助理教授	浮游植物研究室	本實驗室的研究方向為海洋浮游植物及微生物生態學。海洋浮游植物供獻地球上約一半的初級生產力，在支持海洋生產力、食物網與碳封存(生物幫浦)方面發揮著關鍵的作用。在海洋浮游植物中，一種稱為固氮生物的群體能將大氣中的氮氣還原成生物可利用的氨氮，為海洋生物提供生長所需的氮營養素。另外，部分浮游植物能形成有害的藻華，對海洋生態系統及食物安全造成威脅。我們關注各種浮游植物的多樣性、生物地理分布、生態生理學和活性，並希望能預測這些重要的微生物在未來海洋中的變化以及相關的生態影響。目前我們正在使用多種方法，包括高分辨率採樣、多體學、機械學習模型大數據分析、野外培養實驗、單細胞同位素示蹤方法、室內生理實驗等，對海洋浮游植物進行研究。我們的研究成果獲刊登在Science, Global Change Biology, Limnology and Oceanography Letters, Global Biogeochemical Cycles, ISME Communications, Communications Earth and Environment, Environmental Microbiology, Earth System Science Data, FEMS Microbiology Reviews, Water Research, Environmental Pollution等國際知名期刊上。