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特色研究

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特色研究

張正教授

張正研究室

浮游植物研究室

在過去五年中,張正教授的研究成果集中於利用基因表現來評估矽藻的生理狀態,這項技術可以幫助我們瞭解浮游植物對海洋環境的適應,探討藻華的興衰和優勢種的形成。在實驗室的基礎測試部份,首先是本人與林芸琪博士合作,利用外加標準品來定量矽藻細胞中 18S rRNA/rDNA 比例,發現此種比例會隨族群生長率線性增加。其次是和洪仕豪博士合作,探討矽藻磷酸鹽傳輸蛋白的序列與結構特徵,並經由培養實驗發現在低磷環境中,基因表現會大幅提升。在海洋中實地測量部份,本人與康利國教授合作在東海南部測量了SkeletonemaChaetoceros兩個矽藻類群的硝酸鹽傳輸基因mRNA含量,發現矽藻在馬祖沿岸海域外側和彭佳嶼附近的湧升流中心處於氮充足的狀態,但是在陸棚中央和湧升流兩側處於氮缺乏的狀態。另外又在基隆嶼海域測量硝酸鹽傳輸基因的季節性變化,發現基因表現和細菌豐富度有關,凸顯出細菌和矽藻競爭含氮營養鹽的可能。

黃將修教授

黃將修研究室

浮游動物與珊瑚礁生物研究室

黃將修特聘教授近五年(2016迄今)共發表81篇於有審查制度的科學期刊,其中SCI文章71篇,非SCI文章11篇,平均每年發表14SCI文章。黃將修教授主要負責之研究工作項目為構思研究計畫、執行研究計畫、撰寫修改文章及負責發表文章等。此外,黃教授不僅專注於執行研究計畫、發表研究成果,同時亦致力於國內外博碩士生的研究論文指導,使其順利取得學位。在促進國際合作與提升臺灣相關研究領域之學術地位方面也相當積極且成效顯著。依據Web of Science資料庫查詢結果,黃教授自1995年迄今(自從有Web of Science記錄以來)有227SCI文章可被搜尋到,若包含1995年之前及資料庫未收錄之SCI文章則超過250篇。著作被引用次數方面WOS資料庫搜尋到3779次,若包含1995年之前或國際英文教科書引用及資料庫未收錄之引用次數則超過3868次以上,另黃教授整體之h-index32 (Web of Science),黃教授並於2020年獲得「臺法科技獎」。

陳天任教授

陳天任研究室

甲殼類研究室

陳天任教授一直都是專研大型甲殼類 (亦即蝦、蟹、蝦蛄等) 之分類及演化類源關係研究,到目前為止共發表有1個世界新科13個世界新屬172 個世界新種2 個新亞種。臺灣的大型甲殼類目前已至少發現1,800 種,申請人在過去30多年間對大部份種類都有採獲標本並蒐藏於國立臺灣海洋大學作為研究參考使用,且對採集到的種類盡量拍下彩色標本照,可以說是國內種類最多資料最齊全的大型甲殼類標本蒐藏,並出版有7本臺灣甲殼類圖鑑和在科技部國家型數位典藏計畫支助下,於2003 年起建立有臺灣大型甲殼類資料庫網站,是認識及研究臺灣海洋生物的一筆重要自然資產,並享譽國際,經常與世界各國研究機構交流標本,對提升臺灣在國際上之知名度有重大助益。另一方面,臺灣雖然四面環海,東部及南部皆為深海區,但未有採集600公尺以深的底棲生物技術,以致臺灣以往都可謂完全沒有較深海地區的底棲生物資料。有鑑於此,申請人自2000 年開始推動國內研究人員與法國研究單位合作,成功建立臺灣獨立採集深海底棲生物的能力及技術,目前已採集至水深5,314 公尺的底棲生物,從此開創臺灣深海生物研究的一個全新領域。除深入研究臺灣的大型甲殼類外,申請人亦常將研究範圍擴大至西太平洋及甚至整個印度西太平洋的相近種群,從事世界性的分類研究,由於成果斐然,於1996 年受聘為法國巴黎國立自然歷史博物館之研究客座“Correspondant du Muséum”。另外在1998 年糧食及農業組織 (FAO) 編撰中西太平洋漁業生物圖鑑,邀請世界知名海洋生物分類專家負責撰寫其所專精的部份,本人則在此世界性的大型研究計畫中撰寫蝦類部份,近年亦協助FAO審定巴基斯坦(2015)和緬甸(2019)漁業生物圖鑑中蝦類部分,對提升臺灣在國際上的學術地位有莫大榮譽。除與法國及FAO 合作外,亦一直與香港中文大學海洋研究中心緊密合作從事甲殼十足類的分子遺傳演化親緣關係研究,且也有與新加坡大學Raffles Museum of Biodiversity Research 合作亞太地區甲殼十足類分類研究。自2004 年更開始積極參與由法國巴黎國立自然歷史博物館籌辦的國際海洋生物多樣性採集調查 (包括部分隸屬全球海洋生物普查Census of Marine Life的國際研究計畫),自菲律賓、日本琉球群島、新幾內亞、萬納度、新喀里多尼亞、莫三比克和馬達加斯加等地採獲大量的標本,由申請人負責採獲蝦類的整理和分類研究,再配合多年來在台灣採獲的標本,在近五年 (2016至今) 共計發表56篇研究報告,除1篇外皆為SCI 期刊論文。近年因成功與香港中文大學合作利用新的分子遺傳標誌來分析甲殼十足類的高階演化類源關係,由於成果斐然,使國際性的生命之樹 (Assembling the Tree of Life) 和生命大百科 (Encylopedia of Life) 計畫主動在2008 年於國立台灣海洋大學舉辦甲殼十足類系統分類專家國際聯席會議,共有9 22 位甲殼十足類專家參與,共同統計甲殼十足類總數和審定其分類系統,共統計出現生種14,756 種,而台灣目前發現的甲殼十足類約為全世界十分之一。另外於2009 年受世界自然保育聯盟 (IUCN) 的紅皮書評估小組 (Red List Assessment Group)邀請,進行全世界龍蝦類的瀕危物種評估。亦受邀參加海洋生物多樣性最權威資料庫World Register of Marine Species (WoRMS) 負責海產爬行蝦類的taxonomic editor,且參與由全球28 117 位海洋生物專家(其中僅四名華人)共同統計目前海洋生物已知的種類數,和推估全球海洋生物應有的多樣性(統計結果2012 年出版於Current Biology)。申請人已成功的使台灣在蝦類分類及多樣性研究在全球生物多樣性最高的印度西太平洋海域中具有領先地位,並逐步將研究領域擴展至全球性。

陳義雄教授

陳義雄研究室

魚類學及分子演化研究室

2011~2020年間共計發表60篇以上的SCI論文,其中9成以上為通訊作者。研究領域投入在魚類系統分類,魚類分子親緣分析,以及魚類生態學等領域。魚類分類上,在東亞地區之淡水魚類及海水魚類分類,都有更進一步的進展。最近幾年來,投入在相關學術專書的撰寫,特別是最近完成三本書籍的撰寫,包括有:(1)陳義雄、陳天任 (2018) 陽明魚蝦蟹-陽明山魚蝦蟹解說手冊。陽明山國家公園管理處,台北市。160 頁。 (2) 陳義雄、林逸洋、陳光耀 (2019) 金門魚類誌-淡水及河口魚類。金門縣 政府,金門縣。224 頁。 (3) 陳義雄、黃世彬、林逸洋、夏譽陽 (2019) 魚游河潟-台江國家公園濕地魚類圖鑑。台江國家公園管理處,台南市。260 頁。近年以來,由於提供給政府機構更多的淡水魚類物種資源保育的現況評析資訊與保育工作建議,因而投入更多保育類淡水魚的瀕危魚種的保育繁殖研究工作,確實台灣特有瀕危魚種保育上及早期生活史研究,實質貢獻了學術及復育成果。

林綉美教授

林綉美研究室

海藻系統分類及演化研究室

海洋性紅藻分子親源關係探與系統分類之研究(林綉美老師)

個人研究主要為探討台灣大型海藻相多樣性、生活史及群聚生態研究,並著重在海洋紅藻分子親源關係和紅藻特有囊果之胚胎發育研究。在國際合作方面,與來自印度-太平洋藻類學家合作研究來自澳洲、紐西蘭、東非、印尼、馬來西亞、菲律賓、日本、韓國、和中國及香港的海洋紅藻分子親源演化,並與歐洲藻類學家合作研究來自大西洋和印度-太平洋紅藻的生物地理學。結合囊果胚胎發育學和分子演化分析來評估單以傳統形態分類或分子序列分析所建立的分類系統,我們有效解決過去因對囊果期的胚胎發育了解不足之處所衍生的一些分類和演化問題。近五年來相關研究發表於藻類學領域具高公信力的專業期刊,有20篇以上報告,其中有15篇為第一作者或通訊作者。

陳歷歷教授

陳歷歷研究室

甲殼類病毒學及免疫學研究室

陳歷歷教授自2011~2020年間共計發表16SCI論文,其中9篇為通訊作者,皆為領域中Q1期刊,另有兩項專利、兩項申請中專利、四項技術轉移,顯見本人注重理論與實際應用,務實解決產業問題。

2013年本人申請中華民國專利「治療或預防白點症病毒感染之組合物」獲證 (專利證書號碼:I384952),然而當時是以早期實驗結果為依據,以WSSV封套蛋白VP53A為設計標的,在作用機制上還不是相當瞭解。

後續再依據蛋白質結合關係分析與分子結構預測結果,本實驗室建立完整的感染複合體結構,發現WSSV與其受器分子並非一對一的結合關係,我們預測出3D模型如右圖,其中灰色所示為可與WSSV受器之一之幾丁質結合蛋白 (chitin binding protein, CBP) 結合之病毒封套蛋白分子 (Journal General Virology 2014, 95 (Pt 8), 1799-1808, Fig 7b),也就是WSSV封套上一些比較小或較關鍵的分子會聚集成一「感染複合體 (infectome)」,此複合體與CBP結合之後導致病毒入侵。

明確解開病毒與受器間結合關係後,我們更能設計出精確方式阻斷病毒與受器的結合,同時我們也開發出配方飼料混成技術與投餵比例關係,使得有效成分不浪費,這樣才能降低生產成本,達到未來商業使用之可能。有關此部分研發成果已獲得科技部價創計畫「開發一條龍應用之新型態水產添加劑」補助成功商品化。

彭家禮教授

彭家禮研究室

海洋真菌研究室

彭家禮教授為大學部生物實驗、普通微生物及實驗課程授課教師;碩士班課程包括海洋真菌學及海洋真菌實驗技術,榮膺106107學年度生命科學院「教學優良教師」。近五年共發表31篇國際SCI期刊論文(影響因子最高為=15.386、總影響因子=131.017、每篇平均影響因子=4.094)3篇國際期刊論文、1篇國內期刊論文、一項美國專利和兩項臺灣專利,其H-index 25 (Web of Science)

呂健宏副教授

呂健宏研究室

甲殼類疫病學研究室

石斑魚對抗石斑虹彩病毒的免疫機制

石斑虹彩病毒(GIV)是嚴重危害石斑魚養殖業的病原體,我們發現GIV感染後,點帶石斑魚的一些免疫基因的表現會上升,包括CC趨化素基因(CC chemokine)L型胺基酸氧化酶(LAAO)。我們首先針對CC趨化素基因進行研究,發現點帶石斑魚的19CC趨化素基因中,有四個的表現會受到GIVPoly I:CLPS所誘發,顯示這四個基因與對抗病原體入侵有關,這些結果已發表在SCI 期刊(Dev Comp Immunol. 2019; 97:1)。目前我們針對這四個趨化素進行更深入的研究,以了解這些基因在石斑虹彩病毒感染過程中所扮演的免疫功能。其次是LAAO。此類酵素在動物具有抗菌或抗寄生蟲的活性,我們在點帶石斑魚選殖出了一個LAAO基因,命名為EcLAAO2,其蛋白具有抗菌性,而GIV LPSPoly I:C會誘導其基因大量表現,以上結果正在投稿中。接下來會分析EcLAAO2在石斑虹彩病毒感染過程中所扮演的免疫功能。

蝦類白點症病毒誘導表現基因草蝦PmERP15的選殖與鑑定

蝦類白點症病毒(WSSV)是嚴重危害全球養蝦產業的病原體,我們發現WSSV感染後,草蝦的一個基因會大量表現,我們將此基因命名為PmERP15。我們發現PmERP15的產物是一個內質網蛋白,而WSSV感染會造成內質網緊迫進而會誘發PmERP15 基因的大量表現,而這個基因雖然與WSSV的複製無關,但能延長病蝦存活的時間。以上結果已發表在SCI 期刊(Dev Comp Immunol. 2015;49:239)

邵奕達副教授

邵奕達研究室

環境生理學研究室

邵奕達副教授授課於大學部之普通生物學、生理學及研究所之魚類生理與生態免疫學等課程。研究領域主要為環境生理學。近五年共發表11篇國際SCI期刊論文,主要內容為環境汙染(酸化、溫差、噪音與塑膠微粒)對魚類生理的影響以及環境光照對魚類視覺、內分泌與生殖的關聯性

楊倩惠助理教授

楊倩惠研究室

無脊椎動物及分子演化研究室

授課於大學部之普通生物學、普通生物實驗及海洋生物學等課程;碩士班則包括分子生態學、無脊椎動物學和分子親緣演化等。研究領域主要為海洋無脊椎動物之分子親緣關係、演化及族群遺傳研究,自2017年起至2022年止,執行兩個有關蝦類演化親緣關係探討的科技部三年期計畫。近五年共發表16篇國際SCI期刊論文 (7篇為第一作者,5篇為通訊作者)

何攖寧助理教授

何攖寧研究室

海洋細菌與環境生物科技研究室

研究領域主要集中在環境微生物的生態族群分析、微生物應用、微生物代謝體分析、菌群間之交互作用,近五年(2015迄今)共發表17篇論文,過去發表的期刊當中包含(The ISME journal, Science of the Total Environment, Journal of Hazardous Materials and Bioresource Technology)等,高點數的期刊。此外,更獲得兩項專利,兩項申請中專利,並在代謝組體分析上成功獲得技術研轉。在微生物的應用上,主要分為1. Bioremediation (生物復育) :使用微生物與宿主搭配,進行環境當中重金屬與異物質的降解,已成功的使用在不同的宿主上面,達到環境污染物的降解與去除。2. 環境特定微生物監測:環境當中有害的微生物監測,透過分子標誌的設計與分生技術,追蹤特定來源微生物在環境間的傳播,已成功在不同環境當中,追蹤特定的微生物,近期已建構第三代定序(Oxford Nanopore Technology)平台,進行海洋塑膠生物圈(plastisphere)微生物生態相關基因組體研究。